Музей был создан и действует в тесном сотрудничестве с Лабораторией археологии Енисейской Сибири – полевые работы ее сотрудников являются основным источником комплектования фондов. На базе коллекций Музея сотрудники и студенты СФУ проводят учебные занятия, а также выполняют свои исследовательские работы.