История кафедры началась в феврале 1969 года. С образованием Красноярского государственного университета была создана кафедра «Истории КПСС». Возглавил кафедру молодой кандидат наук, выпускник Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова Гришаев Василий Васильевич.
Преподаватели кафедры читали курс «истории КПСС» на всех факультетах университета. В связи с политическими переменами в стране во второй половине 80-х – начале 90-х годов в учебных планах вместо курса «истории КПСС» появилась дисциплина «Социально-политическая история XX века». Название кафедры «Истории КПСС» с 26 февраля 1990 г. было изменено на название «Кафедра политической истории», а с начала 1994 г. на новое наименование – «Кафедру истории России». В учебном плане студентов первого курса всех специальностей в 1993 г. появился курс истории России.
В 1999 г. по инициативе заведующего кафедры «Истории России» д-р ист. наук, профессора Василия Васильевича Гришаева и профессора кафедры «Истории литературы и поэтики» Галины Максимовны Шлёнской было открыто отделение истории, философии и политологии при факультете Филологии и журналистики Красноярского государственного университета. Василий Васильевич пояснял: «Это традиция, сложившаяся веками. Еще в античных университетах история мирно соседствовала с философией и риторикой. Филология и история, на мой взгляд, наиболее родственные предметы». С образованием отделения истории, философии и политологии кафедра «Истории России» взяла на себя функцию выпускающей по специальности «История», а с 2006 г. по специальности «Историко-архивоведению». С 2010 года специальность была преобразована в «Документоведение и архивоведение».
С 2005 г. из состава кафедры «Истории России» выделили кафедру «Всеобщей истории» и был образован историко-философский факультет под руководством д-р филос. наук профессора А.Я. Райбекаса. С образованием Сибирского федерального университета факультет и кафедра вошли в состав Института естественных и гуманитарных наук СФУ, а впоследствии на базе историко-философского факультета, факультета культурологии и искусств, кафедры прикладной информатики в гуманитарных науках был создан Гуманитарный институт СФУ.
С 2009 г. кафедру «Истории России» Сибирского федерального университета возглавил д-р ист. наук профессор Северьянов Михаил Дмитриевич, ученик Василия Васильевича Гришаева, который смог сплотить многочисленный коллектив кафедры. Им была заложена основа проведения традиционной конференции «Духовно-исторические чтения», эта традиция переросла в международную конференцию «Степановские чтения». С октября 2021 г. руководство кафедрой перешло к ученику д-р ист. наук Михаила Дмитриевича Северьянова, д-р ист. наук, профессору Гергилеву Денису Николаевичу, выпускнику первого набора историков Красноярского государственного университета.